Een separatieangststoornis komt relatief vaak voor, bij evenveel jongens als meisjes en ontstaat vaak in de peutertijd, meestal na een ingrijpende gebeurtenis. Dit kan een verlies zijn, bijvoorbeeld het overlijden van een familielid of een huisdier. Het kind wordt dan voor het eerst geconfronteerd met de dood en de onomkeerbaarheid daarvan.
Maar de angststoornis kan ook ontstaan na een grote verandering in het leven van het kind, zoals een verhuizing of vervelende ervaringen die het kind associeert met alleen zijn.